Livonija 16.gs. bija vāja un iekšēji sašķelta valsts. Livoniju veidoja vairākas atsevišķas valstiņas un teritorijas, kas ietvēra Livonijas ordeni.  Šīs teritorijas bija savstarpēji neatkarīgas un bieži konfliktēja viena ar otru, kas vājināja Livonijas kopējo spēku. 
YCUZD2408156529karteLivonija.png
Attēls 1: Livonijas karte 1260.gadā
 
Livonijas ordenis, kas iepriekš bija spēcīgs militāris spēks, līdz 16.gs. bija zaudējis savu ietekmi. Reģionā pieauga spiediens no ārējām lielvarām - Polijas - Lietuvas, Zviedrijas, Dānijas un īpaši Krievijas.
 Paralēli Eiropā notiekošā reformācijas kustība būtiski mazināja katoļu banzīcas ietekmi, kā arī samazināja ordeņa reliģisko un politisko autoritāti. 
Kā iemesls Livonijas sabrukumam ir uzskatāms Livonijas karš (1558-1583). Livonijas kara sākums ir cieši saistīts ar Krievijas cara Ivana IV (Bargā) vēlmi paplašināt savu valsti un iegūt pieeju Baltijas jūrai, lai nodrošinātu tirdzniecības ceļus un ekonomisko attīstību. 1558.gadā Ivans IV uzsāka militāru uzbrukumu Livonijas teritorijai, uzskatot to par vāju un viegli iekarojumu. 
Hw-ivan4.jpg
Attēls 2: Ivans IV
Krievijas cars Ivans IV (Bargais) bija Livonijas kara inciators, viņa galvenais mērķis bija paplašināt Krievijas teritoriju un iegūt pieeju Baltijas jūrai, kas izraisīja konfliktu ar Livonijas ordeni, Poliju - Lietuvu un Zviedriju. Ivana IV agresīvā poltika radīja ievērojumus postījumus Livonijā un veicināja iekšējo problēmu palielināšanos. 
 
Krievijas iebrukums izraisīja haosu Livonijas teritorijā un deva sigālu citām kaimiņvalstīm, ka Livonijas vājā aizsardzība var tikt izmantota. Polija - Lietuva un Zviedrija arī sāka iejaukties Livonijas lietāš, cerot iegūt kontroli pār šo stratēģiski svarīgo reģionu. 
 
Svarīgākā Livonijas kara hronoloģija: 
1558.-1561.gads Krievijas iebrukums Livonijā. Ivans IV iebruka Livonijas teritorijā un ātri ieņēma lielu daļu no tāš teritorijas, iekarojot Tērbatu un citas svarīgas teritorijas.
1561.gads Livonijas ordenis un citas Livonijas daļas nebija spējīgas pretoties Krievijas armijai. Livonijas ordenis beidza savu pastāvēšanu, un tās atlikušās teritorijas tika sadalītas starp Poliju-Lietuvu un Dāniju. 
1561.-1582.gads Polija-Lietuva un Zviedrija iesaistījās karā, mēģinot apturēt Krievijas paplašināšanos. 1561.gadā Livonijas daļas kļuva par Pārdaugabas herocgisti Polijas - Lietuvas pārvaldībā. 
1582.gads Krievija piedzīvoja vairākus militārus zaudējumus un bija spiesta piekrist pamieram. 1582.gadā tika noslēgts pamiera līgums starp Poliju-Lietuvu un Krieviju, saskaņā ar kuru Krievija atteicās no savām pretenzijām uz Livoniju. Zviedrija noslēdza pamieru ar Krieviju 1583.gadā. 
 
Pēc Livonijas kara Livonijas teritorija tika sadalīta starp vairākām valstīm: 
Polija-Lietuva ieguva Pārdaugavas hercogisti, kurā ietilpa mūsdienu Latvijas teritorijas Latgales daļa un neliela Vidzemes teritorijas daļa. Zviedrija ieguva Vidzemi (Rīgas apgbalu) un Ziemeļigauniju. Kā arī bijušās Livonijas Kurzemes un Zemgales teritorijā tika izveidota Kurzemes un Zemgales hercogiste, kura bija Polijas - Lietuvas vasaļvalsts. Dānija ieguva Sāmsalu un daļu Ziemeļigaunijas, taču vēlāk šīs teritorijas zaudēja Zviedrijai.