Rāpuļu nervu sistēmu veido galvas smadzenes, muguras smadzenes un nervi, kas no tām sazarojas.
 
Ķirzakas iekšējā uzbūve

Rāpuļu smadzeņu darbība nodrošina izdzīvošanai nepieciešamos instinktus, piemēram, pašaizsardzību, termoregulāciju, barības un slēptuves meklēšanu. Tās regulē visus rāpuļu dzīvības procesus. Nervu sistēmas uzdevums ir uztvert kairinājumu un sniegt saskaņotu atbildes reakciju.
Rāpuļu garša ir vāji attīstīta. Dzirdei tiem ir vidusauss un iekšējā auss, bet vairumam dzirde ir salīdzinoši vāji attīstīta. Arī skaņai nav būtiskas nozīmes rāpuļu dzīvē, turpretī redze ieņem nozīmīgu lomu. Rāpuļiem ir krāsu redze, kuru nodrošina divas acis. Vairumam rāpuļu redze ir attīstīta un tiek izmantota savstarpējai saziņai. Rāpuļiem, dzīvo medī  tumsā,  redze  ir  vājāka. Ķirzakām un bruņurupučiem acis no ārpuses pasargā kustīgi plakstiņi, bet ir ķirzakas, kurām veidojas caurspīdīga plēve. Čūskām ir nekustīgi plakstiņi, kas caurspīdīgu acs pārsegu. Asaru dziedzeri pasargā rāpuļu acis no izžūšanas. Daudzām čūskām starp acīm un nāsīm atrodas termoreceptori, ar kuriem čūska uztver cita organisma izdalīto siltumu un precīzi nosaka upura atrašanās vietu. Rāpuļiem ir laba oža, kuru izmanto, lai sazinātos, piemēram, pārošanās laikā. Tāpat rāpuļiem ir izteikta tauste, piemēram, bruņurupuči jūt pat pieskārienu bruņām.